Qual teste estatístico deve ser usado para testar o enriquecimento de listas de genes?

Realizei um experimento para testar a sensibilidade celular a um determinado agente de dano ao DNA. Descobrimos 270 genes que eram especificamente sensíveis à droga e o número total de genes analisados ​​foi 3668. 38 dos 270 genes sensíveis são classificados como "genes de reparo do DNA". Se o número de "genes de reparo do DNA" contidos no genoma é 112 e o número total de genes no genoma é 3668, os genes sensíveis são enriquecidos nos genes de reparo do DNA? Qual teste estatístico deve ser usado? Eu gostaria que você também pudesse me dizer alguma ferramenta para calcular o valor-p online.

A prática padrão para testar o enriquecimento de listas de genes é fazer um teste hipergeométrico ou, equivalentemente, um teste exato de Fisher unilateral . Você tem as seguintes tabela de contingência:$2\times2$

Você pode realizar o teste da Rseguinte maneira:

fisher.test(matrix(c(38,74,232,3324),nrow=2,ncol=2),alternative="greater")

O que fornece um resultado altamente significativo:

Fisher's Exact Test for Count Data

data:  matrix(c(38, 74, 232, 3324), nrow = 2, ncol = 2) 
p-value < 2.2e-16
alternative hypothesis: true odds ratio is greater than 1 
95 percent confidence interval:
5.062107      Inf 
sample estimates:
odds ratio 
7.34918

Note-se que à medida que está a testar para sobre-representação (em vez de sub-representação) o alternativeparâmetro é definido como "greater".