Eles não são os mesmos, há uma diferença. Lentilhas vermelhas podem ser compradas inteiras ou divididas. A maioria das variedades vermelhas não tem pele, as que têm pele não parecem muito vermelhas.
As medições não serão muito afetadas, você terá um pouco mais de lentilha em uma xícara de lentilhas partidas do que em uma xícara de lentilhas inteiras. O tempo de cozimento será mais dramaticamente diferente. As lentilhas rachadas com a pele externa removida cozinharão mais rápido que as lentilhas inteiras, principalmente aquelas que ainda têm a pele externa.
Eu olhei algumas receitas para Moussaka com lentilhas, e todas pediram lentilhas cozidas. Portanto, quaisquer que sejam as lentilhas que você escolher, siga as instruções da embalagem ou seu conhecimento do produto.
As lentilhas inteiras manterão sua forma mais (embora as variedades vermelhas não fiquem inteiras), as lentilhas quebradas se quebrarão mais. Qual você escolher deve ser uma questão de preferência pessoal.