A projeção isométrica não é tão relevante para as ferramentas subjacentes que você escolhe, é apenas a maneira (ângulo, sem distorção de perspectiva) de ver as coisas, mas isso não muda os princípios subjacentes de como as coisas se comportam. Isso significa que você não precisa procurar particularmente ferramentas isométricas.
A física, por exemplo, é a mesma, não importa como você a veja. A matemática de um acidente de carro não muda, se você olha da esquerda ou da direita, não depende do observador. O mesmo se aplica a uma bola quicando, não importa se você a assiste da esquerda ou de cima, ela salta da mesma maneira sempre.
Se você tiver dúvidas específicas sobre como implementar essas coisas em termos de projeções isométricas, dê um exemplo e podemos entrar em detalhes :)