Você está certo, com o uso de um tripé robusto, as fotos devem estar todas alinhadas por padrão, mas nem todos os tripés são estáveis, algumas câmeras não disparam automaticamente, por isso solicita que você pressione o botão do obturador constantemente, causando tremores e existe a chance do fotógrafo não ter um tripé, para isso é necessário o alinhamento. No meu caso, gravei em HDR antes de usar um tripé e esse foi um passo necessário para mim.
Eu apenas uso o Photomatix para gerar HDR e lá você pode pular a fase de alinhamento, se essa é a sua pergunta aqui.
No final, esta etapa é apenas para garantir que todas as fotos sejam definidas na posição correta antes de ir para o mapeamento de tom.
Em outro cenário, embora a câmera possa não se mover, os objetos na cena podem e isso permite a possibilidade de manter o que você deseja alinhar para mantê-lo dessa maneira.