Como você mencionou, isso depende muito da geometria do problema envolvido, mas também da estrutura computacional usada (por exemplo, FEM, FDM ou FVM).
Métodos de diferença finita (FDM) são freqüentemente restritos a grades estruturadas que não requerem estruturas de dados especiais para o registro de informações da grade. Dito isto, o FDM pode ser estendido para grades semiestruturadas, como grades adaptadas de quadtree ou octree, usando estruturas de dados mais sofisticadas. No entanto, as grades estruturadas são muito mais simples de codificar e mais fáceis de desenvolver. Além disso, com esse tipo de grade, a decomposição e a paralelização de domínios geralmente são triviais. Eles geralmente são adequados para domínios simples, mas certos métodos, como limites imersos ou métodos de interface imersos, foram desenvolvidos que utilizam esse tipo de grade para até geometrias não triviais.
Métodos de volume finito (FVM) e Métodos de elementos finitos (FEM), por outro lado, são geralmente mais gerais e podem (uniformemente) manipular várias geometrias. Isso, no entanto, tem o custo de usar estruturas de dados mais complicadas, o que resulta em algoritmos mais complexos e mais tempo de desenvolvimento. Eles geralmente são mais difíceis de paralelizar, pois a grade agora deve ser particionada em subdomínios antes de serem enviados para diferentes processadores. Dito isto, a existência de pacotes de software bem escritos para tarefas específicas (como pré-condicionadores, solucionadores lineares e particionadores de gráficos), juntamente com sua robustez e versatilidade, os tornam uma excelente opção a considerar se você possui geometrias não triviais.
Finalmente, independentemente do tipo de método (e, portanto, da grade) que você escolher, existem métodos de ordem alta (caro) e baixo (barato) nas três famílias diferentes que você pode escolher para o seu problema específico.