Muitas vezes, as equações a serem resolvidas representam uma lei de conservação física. Por exemplo, as equações de Euler para dinâmica de fluidos são representações de conservação de massa, momento e energia. Dado que a realidade subjacente que estamos modelando é conservadora, é vantajoso escolher métodos que também sejam conservadores
Você também pode ver algo semelhante com os campos eletromagnéticos. As leis de Maxwell incluem a condição livre de divergências para o campo magnético, mas essa equação nem sempre é usada para a evolução dos campos. Um método que conserva essa condição (por exemplo: transporte restrito) ajuda a corresponder à física da realidade.
Edit: @hardmath apontou que eu esqueci de abordar a parte "o que poderia dar errado" da pergunta (Obrigado!). A pergunta refere-se especificamente a engenheiros, mas darei alguns exemplos de meu próprio campo (astrofísica) e espero que eles ajudem a ilustrar as idéias o suficiente para generalizar o que pode dar errado em um aplicativo de engenharia.
(1) Ao simular uma supernova, você tem uma dinâmica de fluidos vinculada a uma rede de reação nuclear (e outra física, mas nós a ignoraremos). Muitas reações nucleares dependem fortemente da temperatura, que (para uma aproximação de primeira ordem) é uma medida da energia. Se você não economizar energia, sua temperatura será muito alta (nesse caso, suas reações correrão muito rápidas e você introduzirá muito mais energia e obterá uma fuga que não deveria existir) ou muito baixa (nesse caso, suas reações correr muito devagar e você não pode alimentar uma supernova).
(2) Ao simular estrelas binárias, é necessário reformular a equação do momento para conservar o momento angular. Se você não conservar o momento angular, suas estrelas não poderão orbitar-se corretamente. Se eles ganham impulso angular extra, eles se separam e param de interagir corretamente. Se o momento angular perde, eles colidem um com o outro. Problemas semelhantes ocorrem ao simular discos estelares. A conservação do momento (linear) é desejável, porque as leis da física conservam o momento linear, mas às vezes você precisa abandonar o momento linear e conservar o momento angular, porque isso é mais importante para o problema em questão.
Devo admitir que, apesar de citar a condição livre de divergência dos campos magnéticos, não sou tão experiente lá. A falha em manter a condição livre de divergência pode gerar monopólos magnéticos (dos quais não temos evidências atualmente), mas não tenho bons exemplos de problemas que possam causar em uma simulação.
Hoje me deparei com uma tese O Esquema EMAC para Simulações de Navier-Stokes, e a Aplicação aos Fluxos de Bluff Passados e observe que a Seção 1.2 dela responde à pergunta da OP, pelo menos parcialmente. As partes relevantes são:
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