Em primeiro lugar, não é para onde a ferrovia transiberiana vai. Você precisará desconectar e pegar o trem de Nososibirsk até Almaty (35 horas). De lá, você está sem sorte, em termos de trem. Você pega um táxi ou ônibus compartilhado do outro lado da fronteira de Almaty para Bishkek (é muito fácil, o ônibus o deixa na fronteira, você atravessa e o encontra do outro lado).
De Bishkek, como você espera - você precisará de táxis compartilhados. Há um trem - de Bishkek ao Lago Issyk-Kul, mas é mais lento que o ônibus (eu testei - peguei o trem de um lado e o outro ônibus - o ônibus é muito mais rápido).
Observe que você precisará de uma permissão para entrar na área de Pamir no Tajiquistão, além de um visto.
A outra maneira é descer de São Petersburgo através de Volgogrado, Astracã, atravessar Aktau / Beynou e até o Uzbequistão (especificamente Kungrad) em Obshi - veja meu post sobre este último pedaço, se você estiver interessado. De lá, você treina / compartilha o táxi até Tashkent; nesse ponto, você pode pegar táxis compartilhados até Dushanbe, depois Khorog (1-2 dias) e até Murghab.