A resposta simples é sim, você pode processar novamente. Siga o procedimento de processamento padrão para o molho de maçã depois de obter o sabor e a consistência desejados. (Pessoalmente, gosto de molho de maçã muito grosso.)
Você disse Maybe I didn't heat it hot enough before canning, since it was so thick.
que você a ferve antes de colocá-lo nos potes? Se não estivesse quente no momento da embalagem, você poderia ter um problema de segurança, dependendo de quanto tempo os frascos estivessem no banho-maria. O molho de maçã grosso é apenas um problema de conserva / segurança se houver grandes bolhas de ar presas no frasco.
A cor do molho de maçã não é uma indicação de um problema. Se você usou maçãs azedas, elas simplesmente não oxidam muito. Se você quiser mudar a cor, adicione um pouco de canela. (é possível que escurecer um pouco por conta própria ao longo do tempo)