A maior preocupação com peixes capturados na natureza é a presença de parasitas. Você terá que procurar quais espécies de parasitas estão presentes nas espécies de peixes que deseja usar e tratá-las de acordo. A tênia é comum no salmão, e várias outras variedades de peixes têm vários parasitas capazes de infectar um hospedeiro humano. A maioria dos sites que eu já vi sugere que você precisa congelar o peixe a -4 graus Fahrenheit (-20 Celsius) ou mais frio por 7 dias ou -31 Fahrenheit (-35 Celcius) por 15 horas para garantir que qualquer parasita esteja morto. Muitos freezers domésticos podem ter dificuldade em manter as temperaturas tão baixas. Além disso, o processo de congelamento, se realizado em um freezer doméstico, tem boas chances de estragar o sabor e a textura da carne. Você pode procurar métodos de congelamento de flash para evitar isso.
Supostamente, existem certas espécies de peixes que não possuem parasitas, ou pelo menos nenhum parasita capaz de infectar seres humanos. Você vai querer fazer sua própria pesquisa sobre isso para ter certeza.
Além de bactérias parasitas são a outra maior preocupação. Coloque o peixe em um refrigerador imediatamente e congele-o assim que voltar para casa.
Fontes:
http://seafoodhealthfacts.org/seafood_safety/patients/parasites.php
http://www.sushiencyclopedia.com/sushi_concerns/sushi_parasites.html