Cozinhar o suco de limão por mais tempo não o tornará "mais saboroso". Como a maioria dos alimentos adicionados em pequenas quantidades como intensificadores de sabor, o suco de limão tem muitos componentes aromáticos e de sabor que podem ferver, quebrar ou serem absorvidos pelo seu ensopado / sopa com cozimento mais longo.
Há uma razão pela qual uma fatia fresca de limão ou limão é frequentemente servida ao lado de muitos alimentos (e bebidas) - você terá um sabor mais forte de limão quando é adicionado fresco no final do cozimento. Um pouco de suco de limão adicionado anteriormente dará uma acidez genérica a um prato; você também pode usar vinagre ou qualquer outro ácido (mais barato).
A única razão para adicioná-lo mais cedo é em um prato onde você usa muito e deseja que o sabor do limão penetre completamente no prato. Mas, nesse caso, eu não tenderia a usar suco de limão comum, mas talvez mais da fruta real. As cascas podem ser amargas, então você pode adicionar raspas ou polpa de limão descascada picada, mas os limões às vezes são um pouco de trabalho para descascar e remover sementes. Uma opção melhor para esta aplicação são os limões preservados (ou seja, limões adicionados ao sal e mantidos para armazenamento prolongado), que podem ser picados - casca e tudo - e adicionados aos ensopados no início do processo de cozimento.