Na verdade, eu fiz dois lotes com os dois métodos algumas semanas depois de fazer a pergunta.
Cozinhar tudo junto e remover as peles e sementes com uma fábrica de alimentos é definitivamente muito mais rápido. Removendo as peles primeiro e depois fazendo a purê, para que você remova as sementes apenas mais tarde ... bem, embora seja fácil remover a pele de cada uva individual, consumir tempo é um eufemismo, a menos que você esteja fazendo pequenas quantidades. Levei algumas horas para (se bem me lembro) 10-15 libras de uvas.
Incluir as peles tem um efeito moderado na textura - é um pouco mais espessa e mais opaca. Você tem a sensação de que há apenas mais coisas nele. Contanto que você cozinhe por bastante tempo, não há uma diferença muito perceptível no sabor. Por outro lado, se você estiver usando uma receita com pectina em vez de cozinhá-la até endurecer, eu definitivamente prefiro ter as peles, tanto para sabor quanto para textura.
Portanto, há alguma preferência pessoal envolvida; Eu gosto bastante da textura com as peles em purê. Mas se você estiver produzindo grandes quantidades, e as uvas estiverem do lado pequeno, e você não tiver ajuda, poderá ignorá-la.