Eu executei o código de dinâmica molecular (MD) GROMACS em um cluster Ubuntu Linux que consiste em nós contendo 24 CPUs Intel Xeon. Meu ponto de interesse específico acaba sendo um pouco sensível à precisão aritmética de ponto flutuante, por isso tive que executar o GROMACS em precisão dupla ao...
Gostaria de saber se existe uma maneira rápida de calcular a distância euclidiana de dois vetores na oitava. Parece que não há função especial para isso, então devo usar apenas a fórmula com
Estou executando simulações de dinâmica molecular (MD) usando vários pacotes de software, como Gromacs e DL_POLY. O Gromacs agora suporta os algoritmos de decomposição de partículas e de domínio. Por padrão, as simulações do Gromacs usam a decomposição de domínio, embora por muitos anos, até...
Eu sou novo em simulações de dinâmica molecular (MD). Qual é a complexidade de uma simulação de dinâmica molecular em termos de tempo de simulação? Em outras palavras, se eu quiser aumentar o tempo simulado de 10 nanossegundos para 20 nanossegundos, o que posso esperar em termos de aumento no tempo...
Em um sistema em que a energia teoricamente deveria ser conservada, a simulação mais precisa economizaria energia (além de fornecer posições, velocidades e etc) precisos. O RK4 é mais preciso do que o salto, mas o salto economiza energia e o RK4 não. Por que é
Estou executando simulações de dinâmica molecular da água para fins de teste. A caixa é bem pequena, se você perguntar a um especialista em MD clássico e relativamente grande, se perguntar a um especialista em DFT: tenho 58 moléculas de água em condições de contorno periódicas. Para economizar...
Estou tentando fazer MD com vapor de água. Como eu sei, existem alguns modelos de água para água líquida, como SPC, SPC / E, TIP3P, mas eles também se aplicam ao estado de vapor da água? E qual é a diferença de simulações de água líquida e de
Estou tentando otimizar alguns parâmetros do campo de força em uma estrutura molecular para que o resultado da simulação chegue o mais próximo possível da estrutura experimental. No passado, escrevi um algoritmo genético no qual, essencialmente, amostro aleatoriamente o espaço dos parâmetros,...