A disciplina na encruzilhada da computação e das ciências biológicas, que envolve organizar, manter e analisar dados de áreas como biologia molecular, genética e genômica
Estou procurando recursos (tutoriais, livros didáticos, webcast etc.) para aprender sobre Markov Chain e HMMs. Minha formação é como biólogo e atualmente estou envolvido em um projeto relacionado à bioinformática. Além disso, quais são os conhecimentos matemáticos necessários para ter uma...
Gostaria de saber se faz diferença na interpretação se apenas as variáveis dependentes, dependentes e independentes ou apenas as independentes são transformadas em log. Considere o caso de log(DV) = Intercept + B1*IV + Error Eu posso interpretar o IV como o aumento percentual, mas como isso...
A distribuição binomial negativa (NB) é definida em números inteiros não negativos e tem função de massa de probabilidade f(k;r,p)=(k+r−1k)pk(1−p)r.f(k;r,p)=(k+r−1k)pk(1−p)r.f(k;r,p)={\binom {k+r-1}{k}}p^{k}(1-p)^{r}.Faz sentido considerar uma distribuição contínua em reais não negativos definidos...
Sei que minha pergunta / título não é muito específico, tentarei esclarecê-la: As redes neurais artificiais têm projetos relativamente rígidos. É claro que, geralmente, eles são influenciados pela biologia e tentam construir um modelo matemático de redes neurais reais, mas nosso entendimento das...
Mais recentemente, li dois artigos. O primeiro é sobre a história da correlação e o segundo é sobre o novo método chamado Maximal Information Coefficient (MIC). Preciso da sua ajuda para entender o método MIC para estimar correlações não lineares entre variáveis. Além disso, as instruções para seu...
A distribuição binomial negativa tornou-se um modelo popular para dados de contagem (especificamente o número esperado de leituras de seqüenciamento dentro de uma determinada região do genoma de um determinado experimento) em bioinformática. As explicações variam: Alguns o explicam como algo que...
Eu tenho um conjunto de dados de teste altamente desequilibrado. O conjunto positivo consiste em 100 casos, enquanto o conjunto negativo consiste em 1500 casos. No lado do treinamento, eu tenho um pool de candidatos maior: o conjunto de treinamento positivo tem 1200 casos e o conjunto de...
Esta é uma pergunta ingênua de alguém que começa a aprender aprendizado de máquina. Atualmente, estou lendo o livro "Aprendizado de máquina: uma perspectiva algorítmica" de Marsland. Considero útil como um livro introdutório, mas agora gostaria de entrar em algoritmos avançados, aqueles que...
Espero que alguém nesses fóruns possa me ajudar com esse problema básico nos estudos de expressão gênica. Fiz sequenciamento profundo de um tecido experimental e de controle. Em seguida, obtive valores de enriquecimento dobrado de genes na amostra experimental sob controle. O genoma de referência...
Recentemente, me formei com mestrado em modelagem médica e biológica, acompanhada de engenharia matemática como pano de fundo. Embora meu programa educacional incluísse uma quantidade significativa de cursos de estatística matemática (veja abaixo uma lista), que gerenciei com notas bastante altas,...
Por que alguém usaria a idade e o quadrado da idade como covariáveis em um estudo de associação genética? Eu posso entender o uso da idade se ela foi identificada como uma covariável significativa, mas estou perplexo quanto ao uso do quadrado da
Antecedentes Biológicos Com o tempo, algumas espécies de plantas tendem a duplicar todo o seu genoma, ganhando uma cópia adicional de cada gene. Devido à instabilidade dessa configuração, muitos desses genes são excluídos e o genoma se rearranja e se estabiliza, pronto para duplicar novamente....
Sempre dizemos que as estatísticas estão apenas lidando com dados. Mas também sabemos que a informática também está obtendo conhecimento da análise de dados. Por exemplo, o pessoal de bioinformática pode ficar totalmente sem bioestatística. Quero saber qual é a diferença essencial entre estatística...
Eu tenho um GLMM do formulário: lmer(present? ~ factor1 + factor2 + continuous + factor1*continuous + (1 | factor3), family=binomial) Quando uso drop1(model, test="Chi"), obtenho resultados diferentes dos que utilizo Anova(model, type="III")na embalagem do carro ou summary(model). Estes dois...
Exemplos: Eu tenho uma frase na descrição do trabalho: "Java senior engineer in UK". Eu quero usar um modelo de aprendizado profundo para prever em duas categorias: English e IT jobs. Se eu usar o modelo de classificação tradicional, ele poderá prever apenas 1 rótulo com softmaxfunção na última...
Atualmente, estou estudando o seguinte caso de Neil Owen, com base no seguinte artigo que encontrei em um jornal: "Um estudante de 20 anos foi preso por toda a vida ontem pelo estupro e assassinato brutal de uma estudante, depois de um dos maiores programas de teste de DNA da história criminal...
Para ser sincero, li muitos sites e respostas sobre esta questão, e nenhum explicou em palavras simples que são compreensíveis. O que eu quero fazer é entender o que uma caminhada aleatória faz e como ela pode ser usada para a Análise de Enriquecimento de Conjunto de Genes. Existe um artigo...
Eu li os ótimos comentários sobre como lidar com valores ausentes antes de aplicar o SVD, mas gostaria de saber como ele funciona com um exemplo simples: Movie1 Movie2 Movie3 User1 5 4 User2 2 5 5 User3 3 4 User4 1 5 User5 5 1 5 Dada a matriz acima, se eu remover os valores de NA, acabarei...