Perguntas com a marcação «lme4-nlme»

Suponha que eu tenha uma amostra de frequências de 4 eventos possíveis: Event1 - 5 E2 - 1 E3 - 0 E4 - 12 e tenho as probabilidades esperadas de meus eventos ocorrerem: p1 - 0.2 p2 - 0.1 p3 - 0.1 p4 - 0.6 Com a soma das frequências observadas dos meus quatro eventos (18), posso calcular as...

Introdução Tenho participantes que tocam repetidamente superfícies contaminadas com E. coli em duas condições ( A = usando luvas, B = sem luvas). Quero saber se há uma diferença entre a quantidade de bactérias na ponta dos dedos com e sem luvas, mas também entre o número de contatos. Ambos os...

Estou ajustando um glmermodelo no lme4pacote R. Estou procurando uma tabela anova com o valor p mostrado nela, mas não consigo encontrar nenhum pacote que se encaixe nela. É possível fazer isso em R? O modelo que estou ajustando é da forma: model1<-glmer(dmn~period*teethTreated+(1|fullName),...

library(lme4) out <- glmer(cbind(incidence, size - incidence) ~ period + (1 | herd), data = cbpp, family = binomial, contrasts = list(period = "contr.sum")) summary(out) Fixed effects: Estimate Std. Error z value Pr(>|z|) (Intercept) -2.32337 0.22129 -10.499 < 2e-16 *** period1...

Estou com problemas para obter resultados equivalentes entre um aovmodelo de medidas repetidas entre dentro e um lmermodelo misto. Meus dados e script têm a seguinte aparência data=read.csv("https://www.dropbox.com/s/zgle45tpyv5t781/fitness.csv?dl=1") data$id=factor(data$id) data id FITNESS TEST...

Em um modelo misto linear generalizado logístico (família = binomial), não sei como interpretar a variação de efeitos aleatórios: Random effects: Groups Name Variance Std.Dev. HOSPITAL (Intercept) 0.4295 0.6554 Number of obs: 2275, groups: HOSPITAL, 14 Como interpreto esse resultado...

Estou simulando ensaios de Bernoulli com um aleatório entre grupos e, em seguida, encaixo o modelo correspondente em o pacote:logitθ∼N(logitθ0,12)logitθ∼N(logitθ0,12)\text{logit}\, \theta \sim {\cal N}(\text{logit}\, \theta_0, 1^2)lme4 library(lme4) library(data.table) I <- 30 # number of...

Estou usando o lmer no R para verificar o efeito da condição ( cond) em algum resultado. Aqui estão alguns dados compostos, onde s é o identificador de sujeito e a, be csão condições. library("tidyr") library("dplyr") set.seed(123) temp <- data.frame(s = paste0("S", 1:30), a = rnorm(30, -2,...

Espero que alguém possa ajudar com o que considero uma pergunta relativamente simples, e acho que sei a resposta, mas sem confirmação ela se tornou algo que eu simplesmente não posso ter certeza. Eu tenho alguns dados de contagem como uma variável de resposta e quero medir como essa variável muda...

Estou ajustando um modelo de efeitos mistos com um termo spline em um aplicativo em que a tendência ao longo do tempo é conhecida por ser curva-linear. No entanto, o que eu gostaria de avaliar é se a tendência curvi-linear ocorre devido ao desvio individual da linearidade ou é um efeito no nível do...

Uma ocorrência não tão incomum ao lidar com modelos mistos máximos complexos (estimar todos os efeitos aleatórios possíveis para dados e modelo) é perfeita (+1 ou -1) ou correlação quase perfeita entre alguns efeitos aleatórios. Para o propósito da discussão, vamos observar o seguinte modelo e...

Eu tenho algumas perguntas sobre especificação e interpretação de GLMMs. Definitivamente, três perguntas são estatísticas e duas são mais específicas sobre R. Estou publicando aqui porque, em última análise, acho que a questão é a interpretação dos resultados do GLMM. Atualmente, estou tentando...

Estou trabalhando em um conjunto de dados para avaliar o impacto da secagem nas atividades microbianas dos sedimentos. O objetivo é determinar se o impacto da secagem varia entre os tipos de sedimentos e / ou profundidade dentro do sedimento. O projeto experimental é o seguinte: O primeiro fator...

Eu li que a distribuição para o estimador de efeitos aleatórios no lme4 é altamente distorcida e, por esse motivo, erros padrão não são relatados. Gostaria de saber se alguém pode fornecer uma referência para isso? Tenho acesso ao livro de Bates e Pinherio, mas não de Raudenbush e Bryk. Um artigo...

Suponha que A seja um fator fixo e B seja um fator aleatório. A e B são cruzados. Outro fator aleatório C está aninhado em B. Considerando as interações AB e AC, como devo ajustar o modelo usando a função lme no pacote nlme?

Eu tenho 2 fatores Ae B(5 × 3) e uma covariável Xem um design de assunto interno. Veja como eu especifico meu modelo geral: lme.out = lme(y~ A*B*X, random=~1|Subject, data=mydata) Minha interpretação é que estou olhando para um gráfico y~x, onde a inclinação muda devido à covariável e a linha...

Tenho problemas para encontrar uma solução sobre como executar um teste post-hoc (Tukey HSD) após uma ANOVA de medidas repetidas de dois fatores (ambos em indivíduos) em R. Para a ANOVA, usei a função aov: summary(aov(dv ~ x1 * x2 + Error(subject/(x1*x2)), data=df1)) Depois de ler as respostas...

Eu tenho um problema com a interpretação de interações de 2 e 3 vias no lmer. Meu DV é a altura, que é uma variável contínua. Todos os IVs são variáveis ​​categóricas. O primeiro fator é animal, seja rato ou leão. O segundo fator é o sexo, masculino ou feminino. O terceiro fator é a cor: vermelho,...

Estou curioso para saber como o pacote lmerTest em R, especificamente a função "rand", lida com testes de efeitos aleatórios. Considere o exemplo do pdf lmerTest no CRAN que usa o conjunto de dados incorporado "cenouras": #import lme4 package and lmerTest package library(lmerTest) #lmer model...

Qual é a diferença entre (1|DNA.concentration/mouse.id)e (DNA.concentration|mouse.id)? O que significam os símbolos |e /significam dentro da sintaxe para o efeito aleatório?